python 如何读取 FASTA 文件中的各序列并赋值给变量？(已解决)

ljx980645

想用 python 写个小程序处理下生物序列，不知道本版有多少做生物信息学的，先描述下 FASTA 文件的结构，
FASTA 文件是一种文本文件：

>name1
sequence1

>name2
sequence2

>name3
sequence3

.......

每一个不同的序列用 “>” 标识，后面跟着它的名字（仅一行，可能含空格），下一行即为序列（可能分几行，但不包含空格，不包含空行，全部是字母或者“-”字符），序列之后空一行，再接第二个序列，依次类推......

我现在想将所有的 sequence 读取出来，以字符串的形式分别赋值于几个变量，比如：
s1=“sequence1”、s2=“sequence2”、..........
他们对应的 name  不作处理，无须关联在一起，注意 sequence 可能有近万个字符，而且需要计算各个 sequene 有多少个字符并判断大家的字符数是否相等。

完成这个读取以及赋值的 python 代码是怎么样的呢？谢谢

ljx980645

用 file.readline() 函数的话，如何控制参数，使得刚好得到想要的行？

ljx980645

只能想到这个笨方法了，
用 readline() 依次读取每一行，然后判断它的第一个字符是不是“>”，是的话，将前面不是“>”开头的行的值按顺序加起来。

不知有没更好的方法呢？

iamone

使用pyfasta软件包。

zhwly

用file.readlines()函数把所有行 读入到列表中，然后再判断输出不就行了吗