perl编写的小脚本 有些问题请指教

foumer

哥们
这个脚本不能运行，还得麻烦你帮我修改修改啦！

cheeselee

Post by foumer;2018482
哥们
这个脚本不能运行，还得麻烦你帮我修改修改啦！

改了下，漏了个分号

zeroliu

建议用 BioPerl 处理序列文件，代码比直接处理要清晰得多。

2. #!/usr/bin/perl
3. use strict;
4. use warnings;
6. use Bio::SeqIO;
8. my $inf = "in.fasta";
9. my $outf = ""out.fasta";
11. # 输入序列对象
12. my $o_seqi = Bio::SeqIO->new(
13.     -file => $inf,
14.     -format => 'fasta',
15. );
17. # 输出序列对象
18. my $o_seqo = Bio::SeqIO->new(
19.     -file => ">$outf",
20.     -format => 'fasta',
21. );
23. while (my $o_seq = $o_seqi->next_seq) {
24. # 如果在序列的描述 (description) 中有 'Calponin'，则输出完整序列到文件 'out.fsata'
25. # 输出的包括序列的 id，描述和核苷酸序列
26.     if ($o_seq->description =~ /Calponin/) {
27.         $o_seqo->write_seq($o_seq);
28.     }
29. }
31. exit 0;

复制代码

BioPerl 具体请见

http://www.bioperl.org

b.6543210

很经典的一个讨论。bioperl的确强大，谢谢。